南宁市科协设4个内设机构：

    办公室职责 

负责市科协全委会、常委会、党组、主席办公会的秘书工作，编制科协工作规划和年度计划；负责机关文电、机要、保密、党务、人事、会务、档案、保卫、财务、对外联络、基本建设、计生、医保、离退休干部管理等行政事务工作；负责收集、整理、草拟人大议案和政协提案。 

科普部职责 

负责指导、协调科协系统的科普团体工作，组织开展多种形式的科普宣传活动，为社会提供各种科普服务；制定科协系统科普工作的长远规划、年度计划，发挥科普工作主力军作用；参与南宁市科普工作法规、规划和计划的调研、草拟、修改和制定；规划、组织、协调和实施全市科协系统重大科普活动；建立和管理科普示范基地；归口管理并指导南宁市农村专业技术协会的工作；负责全市科普集市的报批。检查、监督、协调、管理等工作。 

学会部职责 

负责市级学会（协会、研究会）的指导和管理工作；承担政府委托的对全市性自然科学、技术科学学术性和科普性的社会团体的审查和监督管理工作；组织综合性、多学科的国内外学术交流活动；组织专家开展决策咨询和决策论证工作；组织自然科学优秀科技论文的评选奖励工作；做好推荐优秀科技工作者工作，做好优秀科技人才及新世纪学术和技术带头人的推荐评审工作；反映科技人员的意见和愿望，维护其合法权益。开展对国际民间组织联络、交流和互访活动。组织多学科重点课题研究、软课题研究，为市委、市政府提供决策建议。 

青少年科技教育部职责